在执法过程中，一些行政执法机关和执法人员对证据登记保存概念及适用要件的认识上存在误区，导致在调查取证时不能依法、全面、客观进行。主要有以下几个方面：
1、超过法定期限实施证据登记保存。行政处罚法第三十七条第二款规定，实施证据先行登记保存，应当在七日内及时作出处理决定，如果行政机关在七日内不能做出处理，则应将登记保存的证据发还给所有人。对于这一款规定，一些行政执法机关和执法人员认为，处罚法规定的时间太短，七天内不可能作出处理决定，从而超出法定期限进行证据登记保存。例如在王某诉贸易局行政违法一案中，贸易局在查处未经定点屠宰生猪时，对行政相对人私宰的生猪肉产品进行登记保存后，七日内未作出处理决定，也没将生猪肉产品发还给行政相对人，从而引发行政纠纷。
2、任意扩大证据登记保存范围。实行证据先行登记保存，必须是在特殊、紧急情况下，如证据有可能灭失、时过境迁后将难以取得等，行政执法机关才能实施。对没有必要进行证据登记保存，或通过询问笔录、证人证言、现场笔录等其他证据就能够确定行政相对人违法事实的，则不能采取该措施。在执法中，行政机关往往把握不准实施证据登记保护的条件，在没有必要采取证据登记保存或用其他证据就足以认定行政相对人违法的情况下，任意扩大其范围，以貌似合法的方式进行变相的强制扣押。如我院审理的宋某诉交通局交管行政征收案中，交通局为责令原告交纳规费，在不必要的情况下将宋某的摩托车扣押，声称需要登记保存，原告不服，提起行政诉讼，经审理，依法判决被告将车返还。
3、需要保存的证据不予登记或登记不规范。登记保存物品是采取这项措施必不可少的一个环节，行政执法机关在现场提取证据后，应当制作登记保存物品的清单。但行政机关在执法中往往忽略了这一点，通常只考虑证据登记保存的“实质”，在形式和程序上存在瑕疵，或者不制作证据先行登记保存单，或者不认真规范制作，马马虎虎，草率了事，漏填或者用“一车、一筐、半箱”等含糊单位标记，以至于不能完全、准确地反映登记保存的物品内容，容易与相对人在保存物品的名称、种类、数量、质量等方面产生分歧，引发行政复议或行政诉讼。如我院审理的一起工商行政强制案件中，工商行政管理部门在登记保存物品清单中只表明衣服三箱，最后法院支持了原告的主张。
4、实施先行登记保存的物品与被处罚行为无关联性。先行登记保存的物品作为证明案件真实情况的证据，必然具有客观性、关联性和合法性三个基本特征，它必须与违法行为有直接必然联系的。但行政机关在执法过程中，往往不注意这一点，如城管执法部门在查处违反市容管理乱贴手机广告案时，对与违法行为毫无关联的手机实施先行登记保存，违背证据关联性的原则要求，从而引起矛盾纠纷和行政诉讼，造成被动局面。
5、未经行政机关负责人批准实施登记保存。进行证据登记保存，必须经行政执法机关负责人批准，这种批准可以是“一案一批”，也可以是“事先授权”，即在明确具体标准的情况下，授予行政执法人员根据具体情况处置的权力，行政执法人员采取“先行登记保存”后，应及时向行政机关负责人汇报。但在实际操作中，执法人员往往凭借个人一时冲动，感情用事，在未经批准的情况下，随意采取先行登记保存措施；或者在情况紧急的情况下，为保全证据而采取这种措施，事后怠于向负责人汇报，以求追认。 从上述内容看，“对卷烟予以先行登记保存是否违法？”的关键在于行政机关负责人是否已批准？也就是说，只要有证据证明在行政机关负责人没有批准的情况下，行政执法人员对卷烟予以先行登记保存，这个行为就是违法的。但是，证据是很难有的。因为行政机关负责人的批准具有很大的灵活性，既可以“事先授权”，也可以“事后追认”。